- HOXA1: disgenesia troncoencefálica de Athabascan, síndrome de Bosley-Salih-Alorainy.
- Parálisis horizontal de la mirada, sordera, debilidad facial, malformaciones vasculares,
- retraso en el aprendizaje e hipoventilación
- HOXB1: debilidad facial bilateral, sordera y estrabismo
- SALL4: síndrome de Duane con displasia radial o síndrome de Okihiro. Posibles anomalías renales
- ROBO3: parálisis horizontal de la mirada y escoliosis progresiva
- Ciliopatías (AHI1, ARL13B, B9D1, B9D2, C2CD3, C5orf42, CC2D2A, CEP41, CEP104, CEP120,
- CEP290, CSPP1, IFT172, INPP5E, KIAA0556, KIAA0586, KIF7, MKS1, NPHP1, OFD1, PDE6D,
- POC1B, RPGRIP1L, TCTN1, TCTN2, TCTN3, TMEM67, TMEM107, TMEM138, TMEM216, TMEM231, TMEM237, TTC21B y ZNF423): síndrome de Joubert
- CASK: malformaciones cerebrales, hipoplasia del tronco del encéfalo y el cerebelo
- MYMK: síndrome de Carey-Fineman-Ziter. Hipotonía, secuencia de Moebius,
- complejo Pierre-Robin, retraso motor y fallo de medro
- DARS2: leucoencefalopatía con alteración de tronco del encéfalo y médula espinal y elevación de lactato (LBSL), hipomielinización con alteración de tronco del encéfalo y la médula espinal y espasticidad en extremidades inferiores (DARS)
- WFS1: síndrome de Wolfram. Diabetes insípida y mellitus con atrofia óptica y sordera
- TBX1, deleción 22q11.2: síndrome velocardiofacial. Paladar hendido con insuficiencia velopalatina, anomalías cardíacas, dismorfia facial y retraso en el aprendizaje
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