El estudio de biomarcadores relacionados con el ictus isquémico está adquiriendo una mayor importancia en vistas de conocer mejor los cambios fisiopatológicos de la enfermedad cerebrovascular y facilitar un diagnóstico precoz. Dentro de este campo, la metabolómica ofrece un nuevo abordaje. Se define como el estudio de los metabolitos moleculares de pequeño tamaño derivados del metabolismo celular. Su interés radica en que, a partir de una muestra biológica, ofrece una instantánea de los cambios celulares que están aconteciendo. Actualmente, la aplicación de la metabolómica requiere una metodología compleja que incluye la aplicación de técnicas de separación de laboratorio, análisis estadísticos multivariantes y el empleo de herramientas bioinformáticas. Son múltiples los estudios en el ámbito de la enfermedad cardiovascular que se han centrado en aplicar este abordaje. En los últimos años ha ido en aumento el número de publicaciones referentes a los cambios metabólicos relacionados con el ictus isquémico, tanto en modelos animales como en pacientes. La metabolómica permite la obtención de perfiles de metabolitos que identifican a los pacientes que han sufrido un ictus isquémico. Además, dado que se han llevado a cabo estudios que relacionan metabolitos concretos con las etiologías más frecuentes del ictus isquémico, la metabolómica puede llegar a adquirir un papel significativo en el estudio del ictus criptogénico. El conocimiento más minucioso de los cambios en las vías metabólicas implicadas en la enfermedad cerebrovascular podría sentar las bases para el desarrollo de nuevas estrategias de neuroprotección.